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實時熒光定量pcr儀，由熒光定量系統(tǒng)和計算機組成，用來監(jiān)測循環(huán)過程的熒光。與實時設(shè)備相連的計算機收集熒光數(shù)據(jù)。數(shù)據(jù)通過開發(fā)的實時分析軟件以圖表的形式顯示。原始數(shù)據(jù)被繪制成熒光強度相對于循環(huán)數(shù)的圖表。原始數(shù)據(jù)收集后可以開始分析。實時設(shè)備的軟件能使收集到的數(shù)據(jù)進行正常化處理來彌補背景熒光的差異。正常化后可以設(shè)定域值水平，這就是分析熒光數(shù)據(jù)的水平。
那如何選擇熒光定量PCR儀器呢，可以從以下幾個方面著手：
1、儀器使用的廣泛程度
如果不是一個新出現(xiàn)的儀器品牌，為保證所購置的儀器有充分的可靠性，臨床PCR實驗室可以從相應(yīng)儀器在國內(nèi)外使用的廣泛程度來判斷。應(yīng)用越是廣泛的儀器，越是經(jīng)過實踐驗證的，也就越具有可靠性。2、儀器的檢測通量（反應(yīng)孔數(shù)）
在購買定量PCR儀的時候需要根據(jù)實驗室的要求來選擇不同通量的儀器。目前市面上的熒光定量PCR儀的檢測通量小到16多到384孔，實驗室可以根據(jù)自己的檢測項目和發(fā)展?fàn)顩r，選擇合適的儀器，沒必要追求最昂貴的儀器，一般來說，96孔的通量足夠用了；如需尋找新藥靶點和疾病標(biāo)記等類型的實驗，則可以考慮購買384孔的儀器。
3、儀器的通道數(shù)量
隨著醫(yī)院開展的項目越來越多，比如基因表達，單核苷酸多態(tài)性分析、高分辨率熔解曲線等，那么單通道的儀器則無法滿足實驗室的需求了，而多通道的設(shè)計則能使其更方便地檢測多重PCR檢測及其衍生的基因表達等其他分析模式。
4、耗材的開放性
耗材如擴增反應(yīng)管的開放性可能會決定日常檢測成本的高低。作為臨床PCR實驗室，在選擇實時熒光PCR儀時，可考慮這一點。不過對于檢測HCV等RNA項目的時候，盡量使用去RNAnase酶耗材。
5、硬件設(shè)計特點
熒光定量PCR儀主要有96孔板式和離心式等，每種設(shè)計都有它的獨到之處，但也都有無法避免的缺陷。
96孔板的熒光定量PCR儀可以容納的樣本量大，最大可至100ul，而且無需特殊的耗材。傳統(tǒng)的96孔板儀器多采用鹵鎢燈激發(fā)、CCD檢測。其優(yōu)點在于：鹵鎢燈的光強比LED燈強，波長范圍廣，對于熒光染料的激發(fā)具有非常好的效果，性能比較穩(wěn)定，使用壽命約3000個小時左右；但CCD的檢測通常會因為每個樣品孔距光源和檢測器的光程各不相同，會產(chǎn)生邊緣效應(yīng)，對結(jié)果產(chǎn)生一定的影響。為了保證精確、精準(zhǔn)的實驗結(jié)果，這類儀器在實驗過程中通常需要配合ROX校正染料，來平衡孔間差異；
離心式的儀器通常選用LED激發(fā)、PMT檢測，設(shè)計上避免了邊緣效應(yīng)，同時PMT檢測對熒光信號可以放大或縮小，相對于CCD檢測更加靈活，靈敏度更高；但LED的熒光強度比較弱，波長范圍也比較窄，因此，對熒光染料的激發(fā)效果不如鹵鎢燈；
6、運行速度
在熒光定量PCR儀的眾多技術(shù)參數(shù)中，升降溫速度也是非常重要的。更快的升降溫，可以縮短反應(yīng)進行的時間，而且縮短了可能的非特異性結(jié)合和反應(yīng)時間，提高PCR的特異性。但是，運行速度越快，對加熱制冷模塊的要求越高，因此，穩(wěn)定性是其存在的最大問題，如果在市面上經(jīng)過長期考證的，穩(wěn)定性好的儀器，運行速度越快，帶來的便捷越多；
7、靈活性
在儀器基本性能得到保證的情況下，另外一方面則需要考慮儀器的靈活性，主要包括：儀器運輸?shù)撵`活性，拆卸的靈活性，軟件升級的靈活性，模塊更換的靈活性以及使用的靈活性等。
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